Chili jest tak zakorzenione w kulturze Meksyku, iż Artur Lameli, ekspert w dziedzinie chili, napisał: „Mówi się iż chili jest królem, duszą Meksykanów - pożywieniem, lekarstwem, przyjemnością. Dla wielu Meksykanów chili jest symbolem i wyróżnikiem ich kultury”.

W południowym Meksyku oraz w rejonie Yacatan Peninsula, chili wchodziło w skład codziennej diety tamtejszych ludów już 7500 lat p.n.e. Tym sposobem ich spożywanie wyprzedza dwie wielkie amerykańskie cywilizacje: Majów i Azteków. Pierwotnie chili było zbierane w dziczy i wykorzystywane jako przyprawa. Jego znaczenie wzrosło, gdy zaczęto je hodować. Wtedy też stało się ważnym składnikiem diety kultury Olmec, która ukształtowała się ok. 1000 roku p.n.e. . Około roku 500 p.n.e. kultura Monte Alban z doliny Oaxaca, rozpoczęła handel nową odmianą naczyń ceramicznych w pobliskich regionach. Naczynia molcajete wyglądem przypominały dzisiejsze moździerze i były nazywane "miskami Suchilquitongo" . Ponieważ moździerze molcajete są nadal używane do rozkruszania chili i robienia salsy, są one pierwszym dowodem wykorzystywania chili jako przyprawy zmielonej oraz  w postaci suszonej. Rzeźbiona figurka znaleziona w miejscu sakralnym Monte Alban jest kolejnym dowodem dużego znaczenia chili. Figurka ta, przedstawia krzew chili z trzema prostymi gałęziami na jednym końcu i głową człowieka na drugim.

Kiedy Europejczycy wylądowali na zachodniej półkuli, Majowie zasiedlali tereny płd. Meksyku, Yucatan Peninsula, Belize, Gwatemali oraz części Hondurasu i Salwadoru. Tamale przez nich przygotowywane były bardzo wyrafinowane. Różnorodne nadzienia przygotowywano m.in. z: serca jeleni, żółtek jaj, czarnej fasoli, mięsa z przepiórki oraz z piersi gołębich. Historyk jedzenia Sophie Coe opisuje: ” Fasola była gotowana w wodzie, w której moczono wcześniej chili. Taki wywar z chili z powodzeniem można nazwać podstawą ich kuchni.”

W 1529 roku Bernardino de Sahagun, hiszpańsko-francuski zakonnik żyjący w Nueva Espada (Meksyk) zauważył, iż Aztekowie jedzą czerwoną oraz żółtą paprykę chili w gorącej czekoladzie. Masę tą wykorzystywali w prawie każdym przygotowywanym przez nich daniu. Zafascynowany ciągłym używaniem przez Azteków nieznanej mu przyprawy chili, Sahagun opisał tą pikantną kuchnię w swojej publikacji „Historia General de las Casas de la Nueva Espada” znanej jako „Florentine Codex”. Jego praca udowadnia, iż spośród wszystkich cywilizacji przed Kolumbem, Aztekowie najbardziej lubili chili. Targowiska antycznego Meksyku zalane były papryką chili każdego rozmiaru i kształtu. Sahagun pisał, iż znaleźć tam można było „pikantne zielone i czerwone chili, chili wędzone i marynowane oraz krzaki chili". Poza ponad 20 gatunkami chili, sprzedawcy oferowali także suszone chili w postaci ristras, gotowane chili oraz chili rybne, które było pierwszą formą konserwowania ryby bez gotowania. Metoda ta, polega na zamoczeniu ryby w  marynacie z kwaśnego soku owocowego oraz papryk chili. Inne dania z owoców morza były także bardzo popularne w starożytnym Meksyku. Jadano gulasz z żab lub homara z papryką chili. Aztekowie wykorzystywali każde źródło protein. Sahagun zaobserwował egotyczne kombinacje robaków z małymi papryczkami chili. Zauważył także, iż chili było czczone na równi z seksem. W uroczystościach na cześć okrutnych bogów, kapłani wymagali zachowania abstynencji w uprawianiu seksu i jedzeniu papryczek chili.

Czekolada i chili były często łączone w napoju chicahuatl, zarezerwowanym dla bogaczy oraz kapłanów. Aztecka wersja tamale zawierała liście bananowca, w które była zawijane było ciasto masa, kurczak i różne odmiany chili. Sahagun opisuje, iż Aztekowie stosowali dwa rodzaje sosów nazywanych chilemollis, jeden z czerwonego chili i pomidorów, drugi z żółtych chili i pomidorów.

Kuchnia Azteków dała początek dzisiejszej kuchni meksykańskiej. Wiele potraw pozostało niezmienionych przez wieki do dnia dzisiejszego. Olej i tłuszcz nie były wykorzystywane do gotowania, przyrządzanie potraw polegało na pieczeniu, gotowaniu w wodzie oraz sosach. Podobnie jak Majowie, Aztekowie rozpoczynali dzień od kubka czekolady z papryką  chili.

Główny posiłek podawano w południe, składał się on z tortilli z fasolą i salsą zrobioną z chili i pomidorów. Salsy przygotowywano krusząc składniki dwoma kamieniami, zwanymi mocaljetes.  Do dnia dzisiejszego metoda ta jest wykorzystywana w wioskach Meksyku i centralnej Ameryki. Warto wspomnieć, iż aztecka odmiana tamale faszerowana śliwkami, ananasem, mięsem z indyka lub jelenia, owocami morza, jajkami żab i węży, podawana była także popołudniem. Kuchnia, którą napotkali Hiszpanie wkraczający do Meksyku, była wysoce rozwinięta i zróżnicowana.

Na targowiskach Azteków w stolicy Tenochtitlan, handlowano dużą ilością chili, z których większość gromadzona była jako forma haraczu. Ten środek zapłaty stosowany przez Tolteków i Azteków, później przejęty został przez Hiszpanów. Płatnikami byli macehuales – poddani, poborcami – urzędnicy Azteccy, a później urzędnicy pracujący dla Hiszpanów. Haracz składał się z lokalnie wyhodowanych produktów, składanych przez każdą wioskę w skrzyniach. Papryka chili była jednym z najbardziej popularnych produktów wchodzących w skład haraczu. Chili było oferowane rządowi wielu różnych formach: świeże, suszone, w 100 kg wiązankach, w wierzbowych koszach oraz w postaci nasion. Po przewiezieniu do stolicy składowane było w hurtowniach pod specjalnym nadzorem, a następnie sprzedawane.

Mendocino Codex opisuje również wykorzystanie chili jako formy tortury. Jeden rysunek przedstawia ojca karzącego swojego syna, zmuszając go do wdychania dymu unoszącego się z pieczonej papryki chili. Przybycie Hiszpanów do Meksyku odbiło się na tamtejszej kuchni, doprowadzając do zmiany nawyków żywieniowych  Indian. Bezpośredni wpływ miały przywiezione przez Hiszpanów, nieznane w tamtej części świata, przyprawy i produkty. Jednakże Aztekowie zachowali typowe dla ich kuchni chili, kukurydzę i czekoladę. Ich kombinacja z produktami przywiezionymi przez Hiszpanów, dała podstawy kuchni dzisiejszego Meksyku. Papryka chili w Meksyku wykorzystywana jest przez wszystkie warstwy społeczeństwa w przeciwieństwie do krajów Ameryki Południowej, gdzie spożywana jest głównie przez Indian. W 1985 roku średnie spożycie chili wynosiło ok. 7 kg na osobę rocznie plus ok. 1 kg suszonej papryki chili. W rzeczywistości Meksykanie jedzą więcej papryki chili niż pomidorów czy cebuli. Najbardziej popularna jest papryka Jalapeno i Serrano. Ponad 90% Serrano wykorzystywana jest do przyrządzenia domowej roboty sals, takich jak pico de gallo. Natomiast ponad 60% papryki Jalapeno przetwarzana jest na salsę lub marynowana, 20% spożywa się w postaci surowej, kolejne 20% jest wędzone w efekcie czego powstaje papryka Chipotle. Najbardziej popularnym daniem kuchni meksykańskiej zawierającym paprykę chili jest mole. Pierwotnie przygotowywane z czterech odmian chili (Ancho, Mulato, Pasilla, Chipotle), pomidorów, czosnku oraz dyni. Dodatek składników przywiezionych ze wschodniej półkuli, takich jak migdały, rodzynki, cynamon i goździki, uczyniły z mole prawdziwy delikates.